Τα μέλη της Εκκλησίας για να αγιαστούν, είναι απαραίτητο να μετέχουν στα Μυστήριά της. Μυστήρια στη χριστιανική ορολογία είναι ιερές τελετές, με τις οποίες μεταδίδεται στον άνθρωπο η χάρη του Θεού. Τα μυστήρια όλα, όπως και κάθε ένα ξεχωριστά, δεν μπορούν να θεωρηθούν αποκομμένα από την φυσική και ιστορική πραγματικότητα, ούτε ως αφηρημένες ή μαγικές πράξεις. Αντίθετα τα χριστιανικά μυστήρια δεν γίνονται "μηχανιστικά" αλλά προάγουν την ζωή μέσα στα φυσικά πλαίσια και με βάση την προκοπή και τη συνεργία του μέλους. Πρέπει δηλαδή να γίνει κατανοητό πως αν δεν ενεργοποιηθεί η θέληση του ανθρώπου, τα μυστήρια δεν μπορούν να πραγματώσουν κανένα από τα έργα της τελείωσης. Με αυτή την προοπτική κατανοείται η χρήση των υλικών στοιχείων, τα οποία μεταβάλλονται και καθαγιάζονται, λαμβάνοντας ειδικό νόημα και περιεχόμενο. Τα μυστήρια τελικά είναι υπεύθυνα για την διαρκή καθαίρεση των δαιμονικών δυνάμεων, η οποία επιτελείται μέσα από την εκκλησιαστική δομή του σώματος της εκκλησίας, προς θεραπεία, πρόοδο και θρίαμβο κατά των δαιμονικών δυνάμεων.

Τα Μυστήρια είναι επτά: Tο βάπτισμα, το χρίσμα, η θεία ευχαριστία, η ιερωσύνη, η μετάνοια, (εξομολόγηση), το ιερό ευχέλαιο και ο γάμος. Ειδικότερα:

Αδελφοί χριστιανοί, είμαστε παιδιά του Θεού και λέμε τον Θεό «Πατέρα». Αυτό είναι πολύ τιμητικό. Ξέρετε πότε αποκτήσαμε το προνόμιο και το δικαίωμα αυτό; Τότε που βαπτιστήκαμε. Γι᾽ αυτό και το Βάπτισμα λέγεται «υιοθεσία». Μας κάνει παιδιά του Θεού. Η κολυμβήθρα είναι σαν μια κοιλιά. Απ᾽ αυτήν την άγια κοιλιά γεννηθήκαμε όλοι οι χριστιανοί και λέμε τον Θεό «Πατέρα». Η κοιλιά στην καθαρεύουσα γλώσσα λέγεται «δελφύς». Και εμείς λοιπόν οι χριστιανοί, που βγήκαμε από την ίδια κοιλιά, την αγία Κολυμβήθρα, λεγόμαστε «αδελφοί». – Με το Βάπτισμα, αγαπητοί μου, μπαίνουμε στην Οικογένεια του Θεού, που λέγεται «Εκκλησία». Και όταν βαπτίζεται ένα παιδάκι μεγαλώνει η Εκκλησία, γιατί προστίθεται σ᾽ αυτήν και ένα ακόμη πρόσωπο!

Καθώς το βρέφος είναι στην αγκαλιά του αναδόχου τελεί ο ιερέας το μυστήριο του Χρίσματος, δηλαδή χρίει το νεοφώτιστο με το Άγιο Μύρο και απαγγέλλει την ευχή του Χρίσματος. Το Άγιο Μύρο είναι μια ουσία που παρασκευάζεται από 57 πολύτιμες αρωματικές ουσίες και καθαγιάζεται τη Μεγάλη Πέμπτη στο Οικουμενικό Πατριαρχείο. Σε κάθε ναό φυλάγεται σε ειδικό σκεύος, το Μυροδοχείο. Συμβολίζει τα πολλά χαρίσματα του Αγίου Πνεύματος, δηλαδή τα πνευματικά δώρα που μας χαρίζει το Άγιο Πνεύμα, όταν μπαίνουμε με το Βάπτισμα στην Εκκλησία του Χριστού.

Το Μυστήριο της Θείας Ευχαριστίας, που τελείται μέσα στην ακολουθία που ονομάζεται Θεία Λειτουργία, είναι η σπουδαιότερη και τελειότερη  λατρευτική εκδήλωση των χριστιανών. Για τον άνθρωπο που έχει βαπτισθεί στο όνομα της Αγίας Τριάδας η σημασία και η αξία του μυστηρίου αυτού είναι ανεκτίμητη.

Το μυστήριο της Ιεροσύνης είναι θεοσύστατο και αυτό, δηλαδή ο ίδιος ο Κύριος το συνέστησε. Και το συνέστησε και όταν ξεχώρισε τους Δώδεκα Αποστόλους του, για να αποτελούν αυτοί το άμεσο περιβάλλον του και γίνουν έπειτα οι διάδοχοι και συνεχιστές του έργου του.

Κυρίως όμως όταν τους μετέδιδε μετά την Ανάστασή του καθώς και την ημέρα της Πεντηκοστής το Άγιο Πνεύμα του και τους παρέδιδε την εξουσία της άφεσης των αμαρτιών, όπως είδαμε στο μυστήριο της μετάνοιας, η οποία ήταν αυτή η εξουσία της ιεροσύνης. Το ίδιο ακόμη έκαναν κατόπιν προς διαδοχή δική τους οι άγιοί του Απόστολοι· “χειροτονήσαντες αυτοίς πρεσβυτέρους κατ’ εκκλησίαν και προσευξάμενοι μετά νηστειών παρέθεντο αυτούς τω Κυρίω, εις όν πεπιστεύκασι” (Πράξ. ιδ’ 23).

Η Εξομολόγηση είναι ένα από τα βασικά μυστήρια της Εκκλησίας. Μας δίνει τη δυνατότητα να «συμφιλιωθούμε» με τον Θεό, να εξετάσουμε την πίστη και τη ζωή μας και να εξασφαλίσουμε πνευματική υγεία. Είναι πράξη μετανοίας. Και μετάνοια σημαίνει αλλαγή του εαυτού μας, στροφή, μεταμόρφωση. Όταν αμαρτάνουμε απομακρυνόμαστε από τον Θεό. Όταν όμως μετανοούμε, ομολογούμε τις αμαρτίες μας και ζητάμε συγχώρεση, επιστρέφουμε σ’ Αυτόν.

Ένα από τα Ιερά Μυστήρια της Εκκλησίας μας είναι και το Μυστήριο του Ευχελαίου ή του Αγίου Ελαίου. Το Μυστήριο αυτό είναι, αναμφιβόλως, γνωστό σε όλους μας, γιατί τελείται σε όλους τους ιερούς ναούς τη Μεγάλη Τετάρτη το βράδυ, αλλά και με διάφορες άλλες ευκαιρίες (παραμονές Χριστουγέννων κ.λπ.), και όλοι οι Ορθόδοξοι πιστοί έχουν την ευκαιρία να συμμετάσχουν σ’ αυτό και να "σταυρωθούν" με το άγιον έλαιον ακούοντας από τα χείλη του ιερέα τη φράση "εἰςἴασινψυχῆς τε καὶ σώματος".

Ὁ γάμος θεωρεῖται εἰς τήν Ὀρθόδοξον Ἐκκλησίαν ὡς ὁ ἀρχαιότερος θεσμός θείου δικαίου, διότι εἰσήχθη συγχρόνως πρός τήν δημιουργίαν τῶν πρώτων ἀνθρώπων, τοῦ Ἀδάμ καί τῆς Εὔας (Γεν. 2, 23). Ἡ ἕνωσις αὕτη συνεδέθη ἀπ᾽ ἀρχῆς ὄχι μόνον πρός τήν πνευματικήν κοινωνίαν τοῦ ζεύγους, τοῦ ἀνδρός καί τῆς γυναικός, ἀλλά καί πρός τήν δυνατότητα ἐξασφαλίσεως τῆς συνεχείας τῆς ζωῆς τοῦ ἀνθρωπίνου γένους. Οὕτως, ὁ γάμος ἀνδρός καί γυναικός εὐλογηθεῖς ἐν τῷ παραδείσῳ κατέστη ἕν ἱερόν μυστήριον...